在國家食藥監總局宣布暫停藥品電子監管碼后，阿里健康也發布了公告表示，已經啟動向國家食藥監總局移交藥品電子監管網系統的事宜。
對阿里健康來說，失去對藥品電子監管網系統的運維權，業績無疑會承受壓力。2014年初，阿里巴巴集團在以13億元收購中信21世紀，隨后更名阿里健康，并由此獲得了國內首張“互聯網第三方平臺網上零售試點資格證書”。中信21世紀不僅擁有首張證書，早在2005年就被選中與原國家食品藥品監督管理局配合，建設中國藥品電子監管平臺，阿里健康也順勢獲得了該系統的運維權。
在取得運維權后，阿里健康通過旗下數來寶平臺向醫藥企業出售基于藥監網系統的數據分析，被指這種兜售商業數據，制定行業規則的行為有違公平。
阿里健康接受界面新聞記者采訪中對涉嫌兜售數據表示否認。
不過，不可否認的是，如果國家食藥監總局長時間暫停執行電子監管碼或是未來公布其他新政策，其可能對阿里健康的收入、業務及運營業績產生重大不利影響。2015年7月阿里健康發布的全年業績顯示收入達3720萬港元，增幅35.3%，其中主營的電子監管網業務收入為3718萬港元，同比增長49.2%。盈利能力提升主要就是由于運營中國藥品電子監管網的收入增加。阿里健康也在今年2月21日的公告中明確表示，運維藥品電子監管網是其主營業務之一，并且是其2015財年和2016財年幾乎全部的營收。
而對藥品零售行業來說，最核心的問題并不是藥品電子監管網由誰運營，而是藥品電子監管碼的存廢之爭。
狀告國家食藥監總局的湖南養天和大藥房企業集團有限公司反對藥品電子監管碼，因為藥品電子監管碼屬于重復建設，將大幅增加社會成本，增加患者負擔。而三家上市公司老百姓(49.490, -0.39, -0.78%)大藥房連鎖股份有限公司、鴻翔一心堂(43.89, -0.39, -0.88%)藥業（集團）股份有限公司和益豐大藥房連鎖股份有限公司發布聯合聲明反對現行藥品電子監管碼，也是認為“這一個不合法、不合理、不公平，完全屬于重復建設的不良政策”，而且對于規模越大的企業來說負擔越重。
但是，也有意見認為沒有電子藥品監管網不利于保障我國藥品安全。阿里健康2月23日發布了一條長微博表示，嚴重的藥品安全問題促使電子監管網雛形在2006年誕生。2006年以前連續爆發了多起制售假藥事件，在藥品電子監管網建成后，則能通過藥監網數據迅速排查問題藥品流向，遏制假藥流向。
除了監控假藥，有業內人士告訴界面新聞記者，電子監管碼還能防止醫保基金被違規用在非醫保報銷商品上。“為了維持經營，有些藥店明里暗里會出售保健品與生活用品，并可以*醫保卡購買。國家醫保基金只能用在規定的藥品上，實施藥品電子監管碼系統，并和醫保系統對應后，就能清楚監控到醫保基金是否用在規定的地方，這樣也就堵死了非法套取醫保的路。但對藥店來說，就失去了一個重要的收入來源，經營難以為繼。”該人士表示。
而就算不是買非醫保藥品，在業內也存在各種藥販子。患者通過醫保卡購買大量藥品再出售給這些藥販子套取醫保基金后，大量藥品又通過各種方法進入其他銷售渠道。2015年，食藥監總局組織的飛行檢查中，就通過電子監管發現了大量回流藥品。
目前，國家食藥監總局暫停執行了食品藥品監管總局《關于藥品生產經營企業全面實施藥品電子監管有關事宜的公告》（2015年第1號）中藥品電子監管的有關規定，正在對《藥品經營質量管理規范》有關藥品電子監管內容修訂公開征求意見。阿里健康已經出局，但還有第三方涉及大數據研究、數據庫建設的機構正在爭取接手藥品電子監管碼的運營維護。藥品電子監管碼何去何從，是否有更好的替代系統才是這場風波最核心的問題。
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